Küçük Ayasofya Camii; Eminönü İlçesi’nde Cankurtaran ve Kadırga semtleri arasında Bizans İmparatoru İustinianos tarafından kilise olarak inşa edilmiştir. 530’lu yıllarda inşa edilen Sergios ve Bakhos adlı bu kilise, İstanbul’un fethinden sonra II. Bayezid döneminde Darüssaade Ağası Hüseyin Ağa tarafından camiye dönüştürülmüş, camiye dönüştürülmesinden sonra avlunun etrafına zaviye hücreleri ve Hüseyin Ağa’nın türbesi inşa edilmiştir.

İstanbul'un Küçük Ayasofya semtindeki cami kiliseden camiye çevrilmiştir. 6. yüzyıldaki Ahagios Petros ve Ahagios Paulos Bazilikası 1497'de cami olmuştur. Temelinde 3 metreye 1,8 metrelik blok taşlar kullanılan ender eserlerdendir.
8 köşeli ana kubbesi bulunmaktadır. Bahçesinin güney kısmında 24 odalı geniş bir bahçesi ve ortasında şadırvanı olan Hüseyin Ağa Medresesi vardır. Medrese Yesevi Vakfı tarfından restore edilmiş ve Türk el sanatlarının hizmetine verilmiştir. Yakınından tren yolu geçer. Solda Kesikbaş Hüseyin Ağa türbesi yer alır.
Bizans İmparatoru I. İustinianos ve karısı Theodora tarafından 527-536 yılları arasında `Sergios ve Bachos Kilisesi` adıyla yaptırılan ve II. Beyazıt Küçük Ayasofya CamiiDöneminde (1500 yıllarında) Topkapı Sarayı Dar`üssaade Ağası Hüseyin Ağa tarafından camiye dönüştürülen Küçükayasofya Camii, İstanbul`un en eski Bizans Dönemi yapısı olarak biliniyor. Bina 1836 ve 1956 yıllarında iki onarım görmüş, muhtelif kurşun ve sıvaları yenilenmiş, minare önemli ölçüde onarılmış. Kentin tarihi boyunca geçirdiği yangın, deprem, istila, yağmalama gibi bütün felaketlere direnen bu yapının, varlığını koruması ve geleceğe güçlendirilerek aktarılması İstanbul`un zengin tarihi mirası açısından büyük önem taşıyor.

Duvar örgüsü taş ve tuğladan olan, kare plan üzerine kubbeli olarak bina edilen cami; 1648 ve 1763 yıllarındaki depremlerde zarar görmüş ve 1831 yılında elden geçirilmiştir. 1860 yılında yapının yakınından geçen demir yolu hattı da yapıya büyük ölçüde hasar vermiştir. Ayrıca; caminin barok üslupta inşa edilmiş eski minaresinin 18 yy.ın ikinci yarısından sonra inşa edildiği düşünülmektedir. Bu minare 1936 yılında bilinmeyen bir nedenle yıktırılmış ve uzun süre bu şekilde kaldıktan sonra 1955 yılında caminin bugünkü minaresi, camiye ilave edilmiştir. Avludaki sekizgen havuzlu tarihi mermer şadırvan da 1938 yılında yıkılmıştır.